A sede da Capitania dos Portos em Santos sempre ocupou edificações importantes no contexto arquitetônico da cidade - em função da importância atribuída ao cargo de intendente, depois capitão do porto -, a exemplo do palacete que antes fora residência de J. Carneiro Bastos, na esquina da Rua Sete de Setembro com a Avenida Conselheiro Nébias, posteriormente demolido, e que é destacado nesta imagem de 1902, do fotógrafo José Marques Pereira:

Palacete J. Carneiro Bastos (esquina de Rua Sete de Setembro com Av. Conselheiro Nébias)

Foto: Revista da Semana do Jornal de Brasil, de janeiro de 1902, pág.19

(exemplar no acervo do historiador Waldir Rueda)

Sobre essas e outras instalações, uma página criada na Internet pela Prefeitura de Santos, por volta de 1998, registra:

Capitania dos Portos

Localizada num ponto privilegiado da Avenida Conselheiro Nébias, a sede da Capitania dos Portos chama a atenção pela beleza. Trata-se da antiga morada de um corretor de café da Cidade, Alberto Bacarat, concluída em 1925, época áurea das exportações do produto pelo porto santista, e que foi adquirida pela Marinha em dezembro de 55. Em 56, tiveram início as obras de adaptação do imóvel. O mastro existente no jardim foi confeccionado e instalado no local pela Companhia Docas de Santos. A inauguração da nova sede da Capitania aconteceu em dezembro do mesmo ano, com a presença do ministro da Marinha de então, almirante-de-esquadra Antônio Alves Câmara.

Em 84, uma capela foi inaugurada no terreno da Capitania. Nela está a imagem de Nossa Senhora dos Navegantes, transferida da Igreja de São José, no Macuco. Antes de ocupar o palacete, a Capitania dos Portos ficou alojada em diversos imóveis, todos alugados. Em sua fase inicial, em 1852, instalou-se nas dependências do antigo Arsenal da Marinha; depois, mudou-se para a Rua dos Quartéis (atual Xavier de Silveira), 54.

Do fim do século a 1918, com a denominação de Capitania dos Portos do Estado de São Paulo, manteve expediente na Rua João Otávio, no Paquetá. Ainda em 18, passou para a Rua General Câmara, 251, onde também ficava a residência do capitão dos portos. Em 1923 ganhou a denominação atual. Em 35, foi transferida para o Palacete I. Carneiro Bastos, já demolido, onde permaneceu 21 anos.

Moradia de Alberto Bacarat foi construída com material importado
Foto: Raimundo Rosa, publicada em 25 de abril de 2005 no jornal santista A Tribuna