Antes da história do Brasil-Colônia, os índios já utilizavam Cubatão como ponto de ligação entre o litoral e o planalto. Pelas margens do Rio Mogi ou do Perequê, os índios desciam a serra para pescar, especialmente nos meses de maio, junho e julho, quando o inverno era mais rigoroso no planalto.

Desde o início da colonização portuguesa o caminho dos índios continuou a ser utilizado pelos colonizadores. As mercadorias vindas do planalto desciam a serra em lombo de mula ou carregadas por pessoas, depois eram utilizados botes e canoas nos rios que cortavam a região para chegar ao porto. O percurso inverso era realizado para subir ao planalto. Cubatão funcionava como ponto de transbordo, carga e descarga. 

A partir de 1643 os padres jesuítas passaram a dominar grande parte das terras que margeiam o Rio Cubatão. Em 1713, já tinham conseguido o arrendamento da Passagem do Cubatão, conhecido como Largo do Sapo, ponto de cruzamento do Rio Cubatão, e estenderam esse privilégio a toda navegação até Santos, mantendo um monopólio de fato de aluguel de botes e canoas, além de cobrarem um pedágio de mercadorias e pessoas, funcionando como uma espécie de alfândega. Isso persistiu até 1759, quando os jesuítas foram expulsos de Portugal e de suas Colônias. A partir daí, a Coroa passou a explorar esta alfândega e em seguida arrendou-a a particulares. 

Devido ao crescimento do fluxo de mercadorias e à extrema dificuldade para transpor a Serra do Mar, foi inaugurada em 1792 a Calçada do Lorena, um caminho todo feito com pedras, sendo a obra mais importante realizada na colônia, e atualmente tombada como monumento histórico. 

Entretanto, o transporte de mercadorias pelo rio era problemático, sujeito ao mau tempo e ao tombamento de canoas. Assim, em 1827 é concluída a construção de uma estrada, o Aterrado, ligando Cubatão ao Porto de Santos. O Aterrado alterou a função secular de transbordo, provocando o deslocamento do povoado da Vila do Porto Geral, na margem esquerda do Rio Cubatão, para o longo dessa estrada, a atual Avenida 9 de Abril, mas mantendo ainda o papel de ponto de parada. Cubatão atingiu nessa época o seu ponto mais alto de desenvolvimento antes da industrialização, que ocorreria na década de 1950.

O crescimento do fluxo de mercadorias pedia estradas que possibilitassem a utilização de carroças, impossível na Calçada do Lorena. Com isso, em 1841 foi concluída a construção de uma nova estrada, que recebeu o nome de Estrada da Maioridade, em homenagem a D. Pedro II, que assumira o trono no ano anterior.

2.2 FERROVIA E BANANICULTURA

Em 1862 foi iniciada a construção da estrada de ferro São Paulo Railway, ligando Santos a Jundiaí. Com essa obra, inaugurada em 1867, Cubatão entra em declínio, pois as mercadorias que saiam do Planalto de Piratininga passavam direto para o porto, sem necessidade de parada em Cubatão. O intenso uso da ferrovia levou à duplicação, em 1900, do sistema funicular na descida da serra.

Desenvolveu-se neste período o cultivo da banana, na região compreendida entre Cubatão e o Vale do Ribeira. Em vista disto, no final do século XIX foram construídas neste trecho as  estradas de ferro chamadas "Decauville" (nome da empresa fabricante das locomotivas de pequeno porte), para acesso às plantações. Estas estradas perderam sua finalidade com o término da cultura da banana e a implantação do pólo industrial. 

O monopólio detido pela São Paulo Railway no transporte ferroviário entre Santos e o planalto foi quebrado com a construção do trecho em bitola métrica da Estrada de Ferro Sorocabana entre Mairinque e Santos, iniciado em 1927 e concluído em 1938. Somente em 1978 foi feita a ligação entre Paratinga (São Vicente) e Cubatão, interligando a Sorocabana com a antiga São Paulo Railway, nesta época parte da Rede Ferroviária Federal S.A. (RFFSA). 

No final da década de 1960, primeiro centenário após a inauguração do primeiro sistema funicular na Serra do Mar, a RFFSA iniciou a construção, em substituição ao funicular, do novo sistema de transposição da serra, chamado Cremalheira–Aderência, inaugurado em 1974.

2.3 A EXPANSÃO DO TRANSPORTE RODOVIÁRIO

Após o final da Segunda Guerra Mundial, as ferrovias passaram a perder participação, enquanto passou a ganhar importância o transporte rodoviário, no Brasil e em todo o mundo.

Anteriormente, em 1926, a Estrada da Maioridade já havia sido completamente pavimentada, recebendo o nome de Caminho do Mar e tornando-se a principal via de acesso rodoviário à Capital. Ela foi a primeira estrada de rodagem brasileira revestida com concreto.

Entre as décadas de 1940 e 1960 foram implantados os primeiros trechos da rodovia SP-55, a espinha dorsal da rede rodoviária litorânea, ligando os principais municípios da Baixada Paulista. O trecho de Cubatão ao litoral sul, chamado Rodovia Padre Manoel da Nóbrega, foi pavimentado no período entre 1951 e 1971, e o trecho entre Cubatão e Guarujá, chamado Rodovia Cônego Domenico Rangoni, teve a sua implantação e pavimentação em 1972. 

Em 1947 foi inaugurada a primeira pista da Via Anchieta, ligando Santos a São Paulo via Cubatão, e em 1953 foi concluída a segunda pista.
Em 1976 a Rodovia dos Imigrantes teve concluída a sua primeira pista, e em 2002 a segunda pista, formando o sistema Anchieta-Imigrantes, um sistema rodoviário de alta qualidade.

2.4 O TRANSPORTE AQUAVIÁRIO

Na década de 1960 foi constituído o Canal de Piaçagüera, em continuação ao Estuário de Santos, como acesso aos Terminais Marítimos Privativos da Cosipa e da Fosfertil. Embora o terminal da Fosfertil esteja localizado em Santos, seu acesso se dá exclusivamente pelo Canal de Piaçagüera. Com 5.100 metros de extensão, o canal é responsável por permitir o acesso de cerca de 40 navios por mês aos terminais, gerando um volume de exportação de 2,54 milhões de toneladas/ano, principalmente de produtos siderúrgicos e coque, correspondentes a US$ 677 milhões, conforme dados de 2004. Pelos terminais também entram as matérias-primas essenciais à produção das empresas do Pólo, como carvão, coque metalúrgico e de petróleo, enxofre, fertilizantes, amônia e carga geral, correspondentes a 5,8 milhões de toneladas/ano.

Desde 1996, por questões ambientais, a dragagem do Canal está suspensa, agravando o assoreamento da hidrovia, que já perdeu aproximadamente dois metros de profundidade. Atualmente, a dragagem do canal encontra-se em fase de estudos ambientais junto aos órgãos de controle.

2.5 SITUAÇÃO ATUAL

As rodovias que servem o município de Cubatão, são em quase sua totalidade vias expressas e com múltiplas faixas, já privatizadas, onde as condições de operação são consideradas  muito boas, em especial o sistema Anchieta-Imigrantes.
Entretanto, existem freqüentes engarrafamentos na Via Anchieta devido  à incapacidade dos pátios de estacionamento no Porto de Santos atenderem à demanda.

Neste segmento, a questão mais imediata está na Rodovia Cônego Domenico Rangoni, que tem pontos de estrangulamento, passagem de nível e inundações. Com freqüência estes problemas levam a grandes engarrafamentos, com graves reflexos em todo o sistema de transportes, tanto de cargas quanto de passageiros. Na temporada de verão e nos fins de semana prolongados estes congestionamentos são agravados.

Outra questão refere-se à ligação entre as margens esquerda e direita do Porto de Santos, pois quando é necessário o transporte de cargas de uma margem para a outra, os caminhões precisam passar pela Via Anchieta e Rodovia Cônego Domenico Rangoni, fazendo um longo percurso, de aproximadamente 50 km , por trechos rodoviários já saturados.

No setor ferroviário, a Agência Nacional de Transportes Terrestres (ANTT) concedeu o direito de passagem pelas linhas da MRS Logística, para a Ferronorte, Novoeste, Ferrovia Centro Atlântica (FCA), Ferroban e América Latina Logística do Brasil (ALL), assim como autorizou a Brasil Ferrovias a construir  a segunda via férrea da margem direita entre Cubatão e Santos, ampliando a capacidade destas ferrovias, trazendo alívio ao sistema rodoviário.

O sistema da Cremalheira da MRS está atualmente com a sua capacidade praticamente esgotada, no sentido planalto a baixada. No sentido contrário, apenas 50% é utilizada. Na Brasil Ferrovias, somente 50% da capacidade está sendo utilizada.

Também está havendo no município de Cubatão um incremento no transporte dutoviário para produtos perigosos, aumentando a segurança das rodovias.
Os Terminais Marítimos Privativos da Cosipa e da Fosfertil, juntos, têm capacidade de operação de 15 milhões de toneladas por ano. No entanto, têm operado com cerca de 8 milhões de toneladas, indicando uma ociosidade que ainda poderá ser explorada.

Neste setor, numa perspectiva estratégica, uma oportunidade apresenta-se para o desenvolvimento de Cubatão. No município de Santos estão esgotadas as áreas disponíveis para a expansão portuária e de serviços retroportuários, enquanto Cubatão tem áreas que podem ser aproveitadas para este fim.

Os rios que cortam o município têm baixa ou nenhuma utilização no transporte de carga, podendo ser desenvolvidos projetos para aproveitamento dos seus potenciais logísticos.

PONTOS FORTES

Existência dos quatro modais de transportes: ferroviário, rodoviário, marítimo e dutoviário.
Proximidade com o maior centro consumidor e produtor do País, a Grande São Paulo.
Integração com o maior porto do País, o Porto de Santos.
Pólo de geração e atração de cargas.
A boa qualidade das rodovias que servem Cubatão.

PONTOS FRACOS
Saturação do acesso rodoviário ao Porto de Santos, ocasionando congestionamentos no município de Cubatão.
Problemas na Rodovia Cônego Domenico Rangoni (Piaçagüera a Guarujá), como pontos de estrangulamentos e de inundações.
A passagem em nível do ramal ferroviário no Km 262 da Rodovia Cônego Domenico Rangoni.
Má operação dos centros de distribuição na Rodovia Cônego Domenico Rangoni, na formação de lotes destinados à exportação e Terminais Marítimos do Guarujá e Santos, provocando engarrafamentos.
Invasão das faixas de domínio da ferrovia, rodovia e hidrovia.
Assoreamento do Canal de Piaçagüera.
Saturação na passagem pela Grande São Paulo dos acessos para o sul e norte do País de todos os modais, refletindo muitas vezes em Cubatão.

OPORTUNIDADES

Ampliação das áreas portuárias e retroportuárias em Cubatão, devido à saturação das áreas disponíveis para este fim em Santos.
Projetos nas áreas de transporte ferroviário, aquaviário, dutoviário ou por correias transportadoras que possam aliviar o transporte rodoviário.
Projetos de infra-estrutura logística na Grande São Paulo que trariam benefícios à logística de Cubatão: o Rodoanel, evitando muitas vezes a passagem desnecessária por Cubatão; e o Ferroanel, melhorando o conjunto logístico da região.

AMEAÇA

Falta de investimentos do poder público em logística, dificultando a expansão do Pólo Industrial de Cubatão e do Complexo Portuário de Santos.
Impactos negativos ao meio ambiente e à qualidade de vida da população por novos projetos logísticos sem a adequada avaliação de impactos urbanos.