Data de 1547 a organização do primeiro conselho santista, encarregado dos negócios da então vila. Na fase imperial, foi em 1829 que surgiu a primeira Câmara, dez anos antes de Santos ser elevada à categoria de cidade. O prefeito era escolhido entre os membros da Câmara.

Com a proclamação da República, surgiram os conselhos de intendência, que ainda misturavam funções legislativas e executivas, e em 1892 foi instalada a primeira Câmara no período republicano. A separação entre os dois poderes só ocorreu de fato em 1907, com a escolha do primeiro prefeito do período republicano, recriando-se o município de Santos (que havia existido por breve período em 1894).