Cubatão está inteiramente inserido no Domínio da Mata Atlântica, sendo um dos municípios integrantes da Reserva de Biosfera. O município ocupa desde os cumes da Serra do Mar aos meandros estuarinos, destacando-se em sua paisagem natural três elementos básicos: a região serrana e morros isolados; a planície de piemonte e o estuário; as matas de restingas nas planícies e os mangues no estuário.

O desenvolvimento urbano e industrial do município ocorreu preferencialmente sobre as planícies de piemonte, sobre os terrenos aluvionares e secos de predomínio das florestas de terras baixas, também denominadas matas restingas, e de quando em quando sobre áreas alagadiças, aterradas ou abertas para dar espaço às culturas de cana e bananas, e posteriormente utilizadas para a urbanização e industrialização. 

O atual Plano Diretor Municipal deixa reservada extensas áreas para preservação ambiental, equivalentes a 62,6% do município, ou 92,63 km², e, nas áreas urbanizadas, mais 2,4%, ou 3,62 km², para praças e parques urbanos. 
Para desenvolvimento urbano, o Plano Diretor deixa reservada apenas 55,37 km², ou 37,4% do território. Destes, 17,92 km², quase sempre na interface entre as áreas ambientalmente protegidas e as áreas com grande ocupação, são definidos como Área de Interesse Público, cuja ocupação e usos devem destinar-se a equipamentos sociais, infra-estrutura, serviços urbanos, reurbanização de interesse social e empreendimentos geradores de emprego e renda para o município.

As áreas verdes de lazer urbanas destacam-se no patrimônio de Cubatão, notadamente o Parque Anilinas, no centro da cidade, e o Parque das Primaveras, no bairro 31 de Março, criados por lei e que oferecem à população espaços para convívio com a natureza, práticas esportivas e culturais. Entretanto, suas instalações apresentam deficiência de manutenção tanto no aspecto paisagístico como nos equipamentos de lazer, esportivos, educacionais e para apresentações de eventos culturais.

Entre os diversos fatores de pressão sobre as áreas de preservação no município de Cubatão, destacam-se os núcleos de ocupação desordenada e áreas de invasão. 

9.2 UNIDADES DE CONSERVAÇÃO

As Unidades de Conservação são áreas de relevante interesse natural, criadas pelo poder público, com objetivos de conservação e limites definidos, destacando-se em Cubatão o Parque Estadual da Serra do Mar e dois dos parques administrados pela Secretaria Municipal de Meio-Ambiente, o Parque Municipal do Perequê e o Parque Municipal Cotia-Pará.

9.2.1 Parque Estadual da Serra do Mar

O Parque Estadual da Serra do Mar - o maior parque estadual paulista - envolve uma área de 300 km de extensão, detendo a maior parte das nascentes dos rios que vertem para o Atlântico. É responsável por cerca de 80% de toda a água que abastece a região da Baixada Santista, captada pela Sabesp dentro dos limites do Parque Estadual da Serra do Mar.

Esta é também a Unidade de Conservação com maior área de florestas de domínio de Mata Atlântica, além de vários ecossistemas a ela associados, contribuindo para a manutenção da diversidade biológica, sendo um dos últimos bancos genéticos da flora e da fauna do Estado de São Paulo. A Mata Atlântica compõe a lista dos ecossistemas mais ricos e ameaçados do mundo. 

O Parque é administrado pelo Instituto Florestal, órgão subordinado à Secretaria do Meio-Ambiente do Estado de São Paulo, através de oito núcleos administrativos, sendo o Núcleo Itutinga-Pilões, cuja sede está localizada no município de Cubatão, o de maior área, aproximadamente 116.000 hectares. Este Núcleo é uma Unidade de Conservação de Proteção Integral definida em lei, de domínio público, onde não é permitido o uso direto de recursos naturais. 

Encontra-se na área do Parque a antiga Vila de Itutinga, restando apenas algumas ruínas da década de 20, como o antigo Hospital, a Cadeia e a Casa da Fazenda, além das ruínas da Usina de Energia da Companhia Santista de Papel. Foram levantados 28 pontos com potencial turístico, os quais estão sendo submetidos a uma análise de viabilidade durante a elaboração de seu Plano de Manejo.

A presença de um maciço florestal nos limites de uma área extremamente urbanizada, tal como a região metropolitana da Capital, e até mesmo da Baixada Santista e Distrito Industrial de Cubatão, contribui para a melhoria na qualidade do ar, para o aumento da umidade relativa do ar e para a melhoria das condições climáticas de maneira geral, prestando assim um serviço ambiental às populações humanas vizinhas. Colabora ainda para a formação de um revestimento natural das encostas da serra, reduzindo o risco de deslizamentos do solo.

O sistema logístico existente na região, em especial o rodoviário, representa importante ameaça à Unidade de Conservação, tanto como vetor de ocupação e atividades irregulares, como de contaminação por vazamentos de cargas perigosas, freqüentemente transportadas nestas rodovias. 

Outro problema refere-se à ocorrência de escorregamentos de terras, devido ao alto índice pluviométrico aliado ao relevo escarpado, fato esse agravado pela ação antrópica, quer nas obras viárias, quer nos desmatamentos e ocupações desordenadas. 

O Núcleo Itutinga-Pilões possui em seus limites algumas áreas de ocupação irregular - os três Bairros-Cota, Água Fria e Sítio dos Queirozes - que se encontram em processo de expansão gradativa. O controle desta expansão exigiria fiscalizações contínuas, inviáveis frente às limitações do contingente atual de guarda-parques na Unidade. Como conseqüência, agravam-se os problemas de desmatamentos, deslizamentos, contaminação de águas superficiais, caça e extrativismo ilegal, entre outros.

PONTOS FORTES:
Envolve ampla área, protegendo diferentes fitofisionomias da Mata Atlântica, com importância prioritária para a conservação e produção científica. 
Grande importância biológica, por proteger um dos ecossistemas mais ameaçados do mundo, rico em biodiversidade.
Contém, dentro dos seus limites, diversas áreas com interesse ecoturístico.
Grande importância socioambiental, por ser o maior remanescente de Mata Atlântica na Grande São Paulo e Baixada Santista, áreas de alta urbanização e industrialização, contribuindo para a regulação climática na região. 
Fornecedora de água que abastece toda a Baixada Santista. 
Importância na preservação do solo das encostas contra processos erosivos.
O município recebe do Governo do Estado o ICMS Ecológico pelo fato de parte do parque estar dentro de seus limites.

PONTOS FRACOS:
Área cortada pelas rodovias Anchieta e Imigrantes, ferrovias, linhas de transmissão e dutovias, o que favorece processos de degradação. 
Pontos de instabilidade nas encostas da Serra do Mar, havendo um risco permanente de deslizamentos, agravado em conseqüência da degradação ambiental.
Processo de expansão gradativa das áreas de ocupação irregular existentes no Parque.
Processo de gestão burocrático e com recursos limitados, dificultando a execução dos programas de fiscalização e uso público.
Inibição da presença de visitantes e pesquisadores pela insegurança potencial devido à existência de áreas de ocupação desordenada no entorno da Unidade.
Vulnerabilidade quanto à caça predatória e extração indiscriminada de espécimes da flora, devido à proximidade dos centros urbanos e áreas invadidas.
Presença de áreas contaminadas junto às margens do rio no interior do Parque (Lixão de Pilões). 
Pouca clareza no Plano Diretor Urbano na delimitação e definição dos usos das Áreas de Interesse Público.

OPORTUNIDADE
Exploração do potencial para o ecoturismo.

9.2.2 Parque Municipal Perequê

O acesso ao Parque Municipal Perequê é feito a apenas cinco quilômetros do centro da cidade, por uma estrada marginal na altura do km 4 da Rodovia Cônego Domenico Rangoni.

A lei de criação deste parque estabelece critérios de uso e manejo, dividindo-o em Zona Primitiva, destinada à preservação do ambiente natural, atividades de pesquisa científica, educação ambiental e também proporcionar formas primitivas de recreação; Zona de Recuperação - compreendida entre as cotas 40 e 15 metros da Serra do Mar - destinada a deter a degradação dos recursos e restauração da área; e Zona de Usos Intensivos e Especial - áreas em cotas inferiores a 15 metros - destinada à recreação e à educação ambiental em harmonia com o meio, podendo ser implantadas no local estruturas de administração, manutenção e serviços de apoio aos usuários.

PONTOS FORTES
Proteção do clima, de recursos naturais dos mananciais e de diferentes fisionomias da Mata Atlântica.
Trilhas, cachoeiras e recantos que possibilitam práticas ecoturísticas, aproveitando interligações a locais e trilhas do Parque Estadual da Serra do Mar.
Espaço de lazer para a população local.
Facilidade de acesso.

PONTOS FRACOS
Danos e depredação ao parque por excursionistas mal orientados, devido à falta de fiscalização.
Danos e depredações ao parque pela realização de eventos de grande porte, acima da capacidade do local.
Inadequação dos usos do parque à lei do Sistema Nacional de Unidades de Conservação e ao Plano do Parque Estadual.
Falta de plano de manejo do parque.
Existência de áreas contaminadas dentro do parque.

9.2.3 Parque Municipal Cotia-Pará

O Parque Cotia-Pará destina-se a objetivos educacionais, científicos e recreativos. Com 840 mil metros quadrados, abriga um zoológico com algumas espécies de animais, viveiro de pássaros, viveiro de plantas, lago com ilhas, áreas de lazer com quiosques, Pesque-Pague ou Pesque-Solte, um mini-teleférico, imagem do Cristo Redentor e um Núcleo de Educação Ambiental. Localiza-se às margens da Via Anchieta, afastado do centro da cidade cerca de dois quilômetros.

PONTOS FORTES:
Importante espaço de lazer e contato com a natureza para a população local.
Facilidade de acesso.
Diversidade de ambientes e equipamentos, integrando os vários aspectos da educação ambiental.
Presença de Sambaqui, como oportunidade de desenvolvimento de estudos arqueológicos.

PONTOS FRACOS:
Falta de adequação do Parque Municipal Cotia-Pará, se caracterizada como Unidade de Conservação, à lei do Sistema Nacional de Unidades de Conservação.
Interferência das atividades do Parque Municipal Cotia-Pará em Áreas de Preservação Permanentes.
Deficiências da manutenção da infra-estrutura e equipamentos.
Proximidade à rodovia e áreas urbanizadas, dificultando o abrigo da fauna.

9.3 FORMAÇÕES NATURAIS

9.3.1 Mangue

Os manguezais são formações características dos litorais tropicais e subtropicais, ocorrendo no Brasil desde o Amapá até o sul de Santa Catarina, e abrigam inúmeras espécies de peixes e crustáceos, bem como da avifauna. 
Ocorrem nos estuários e reentrâncias da costa, e são constituídas de regiões alagadiças ricas em matéria orgânica proveniente das águas do mar, dos rios e principalmente do próprio mangue.

Os manguezais abrigam inúmeras espécies de peixes e crustáceos que neles encontram ambiente propício à reprodução e abrigo para o desenvolvimento dos alevinos, bem como farta alimentação, estimando-se que cerca de 75% da vida marinha ali passa grande parte de seu ciclo de vida. Ainda abrigam inúmeras espécies de aves que encontram tranqüilidade para reprodução e alimentação justamente nos peixes e crustáceos que os habitam. 

Sua vegetação com raízes características sobre terreno inundável pela maré resulta na contenção dos materiais arrastados pelas correntezas  dos rios e marés, atuando como filtro natural, concentrando matéria orgânica para alimento dos seus habitantes e os detritos lançados pelo homem.

Existe pesca ilegal e predatória no mangue, que desrespeita as águas proibidas e as épocas de desova, além de utilizar redes de malhas finas, prejudicando a pesca artesanal, praticada por caiçaras.

Em Cubatão, o mangue tem sido ocupado através de desmatamentos, drenagens e aterros, ou  é usado como local de despejo de esgoto e materiais poluentes, restando 20,5 km², dos quais 1,3 km² (6%) apresentam-se afetados pela ação do homem.

Deve ser lembrado que a movimentação de embarcações de lazer, quando muito intensa, pode levar a um processo erosivo (fenômeno notório na região do Canal de Bertioga), o que ainda não é significativo em Cubatão.

PONTOS FORTES:
Fornece habitat para inúmeras espécies de animais, com destaque para as aves, e é criadouro ou berçário de espécies, sendo fundamental para a manutenção da pesca litorânea e oceânica.
Filtro entre as águas doces ou interiores, impedindo que em caso de enchentes, venham alterar o ambiente marinho, regulando os fluxos e amenizando os impactos dos fenômenos marinhos sobre a terra.

PONTOS FRACOS:
Grande vulnerabilidade a ações humanas.
Processo crescente de invasões com perdas de áreas, devido à proximidade dos centros urbanos.
Facilidade de absorção de contaminantes das atividades urbanas e industriais, permitindo o acúmulo de poluentes.
Acúmulo e retenção de lixo devido às ocupações ribeirinhas associadas à falta de educação ambiental.
Processo contínuo de assoreamento decorrente do desmatamento das encostas, restingas margeando rios, atividades de mineradoras e processos de erosão.

OPORTUNIDADES
Possibilidade de uso sustentável do mangue através do manejo de espécies como ostras, caranguejos, mariscos e siris.
Potencial para exploração ecoturística e pesca amadora e artesanal.

9.3.2 Floresta de terras baixas

Chama-se floresta de terras baixas a vegetação sobre solo arenoso que recebe influência marinha. Apresenta espécies vegetais de diversas formações, além de espécies próprias, ocorrendo desde plantas rasteiras até árvores com alturas de 20 metros. 

Em Cubatão as florestas de terras baixas são uma zona de transição entre as áreas urbanizadas e o manguezal ou as florestas de encosta. Têm ainda uma função de barreira sonora, de contenção de ventos e de manutenção da umidade do solo e do ar. Elas protegem o mangue do assoreamento natural e do provocado pela atividade humana, e mantém uma drenagem natural, protegendo o solo arenoso de processos erosivos.

Estas áreas, em geral secas e bem drenadas, representam 7% do território municipal, e são as preferidas para a ocupação urbana. 

PONTO FORTE:
Abrigo de fauna e diversidade de espécies, com importante papel na ligação entre o mangue e as florestas, permitindo o trânsito de animais.

PONTOS FRACOS:
Conflito de uso do solo com as áreas de preservação existentes.
Falta detalhamento ao Plano Diretor Municipal identificando restrições nas áreas de preservação.

9.3.3 Matas ciliares

As matas ciliares são formações florestais ocorrentes nas margens de cursos d'água. Essas formações têm comprovada importância na proteção contra o assoreamento, na regularização do regime hídrico, melhoria da qualidade da água e para a proteção da fauna terrestre e aquática. 

Em Cubatão, destacam-se como pontos de interesse específico, pela interferência com ocupações, a área urbana do Rio Cubatão, as áreas de Água-Fria e Pilões, o assoreamento do Rio Perequê e as retificações dos Rios Cubatão, Mogi, Perequê e Piaçaguera.

No município existem áreas nas margens dos rios sem vegetação e sem urbanização, que podem receber incremento florestal, como a margem esquerda do Rio Cubatão no bairro Costa e Silva.

PONTOS FRACOS:
Ocupação das margens dos rios por áreas urbanizadas.
Degradação por lançamento de esgotos.
Áreas degradadas e com conflitos de uso nos Rios Perequê, Pilões, Cubatão (Água-Fria), entre outros.
Degradação de margens pela prática da pesca esportiva com ações predatórias.