Os delitos que apresentam crescimento no município de Cubatão são os furtos em geral e o furto e roubo de veículos, segundo as estatísticas da Secretaria de Segurança Pública do Estado de São Paulo, sendo que em ambos os casos houve melhora em 2004. A taxa de homicídios apresenta declínio a partir de 2002, ano em que ocorreu uma taxa acima da tendência. Outro delito que vem apresentando um crescimento acentuado é o tráfico de drogas - apesar de não constar nos dados estatísticos - ocorrendo inclusive guerra de quadrilhas pela posse dos pontos de distribuição. 

 

Em comparação com outros municípios da região metropolitana, verifica-se que Cubatão apresenta índice maior de homicídios dolosos, sendo que nos demais delitos observa-se que os índices estão dentro das médias das demais cidades. 

Outro problema importante de segurança pública em Cubatão refere-se a acidentes ambientais. Os acidentes em conseqüência da proximidade do Pólo  Industrial ocorreram com freqüência na década de 80, como o incêndio de grandes proporções ocorrido em 1984 na antiga Vila Socó, matando mais de 100 pessoas e deixando milhares de desabrigados, devido a um vazamento do oleoduto Santos–São Paulo.

Outros acidentes de menores proporções, como vazamentos de gás na Refinaria Presidente Bernardes em 88, 89 e 90, descarrilamento de 10 vagões de amônia em 81 e declaração de estado crítico na Ultrafertil e Refinaria Presidente Bernardes nos anos de 88 e 89, obrigaram o município a estabelecer planos para a evacuação da população. 

Outros tipos de acidentes ambientais são decorrentes da posição geográfica do município, com área urbana próxima à encosta da Serra do Mar. São os deslizamentos de encostas e as enchentes que ocorrem, normalmente, no período chuvoso que vai de janeiro a março. As principais ocorrências deste tipo de acidente foram as enchentes de 1971 e 1976, o deslizamento da cota 95, em março de 1988, com 10 mortos e centenas de desabrigados, e o deslizamento e enchente de fevereiro de 1994, que atingiu a Refinaria Presidente Bernardes. 

Esta realidade faz com que a preocupação com a Defesa Civil seja prioritária para a segurança da população residente em Cubatão. A Defesa Civil, entidade da prefeitura, conta com pessoal especializado para previsão e atendimento a acidentes naturais (deslizamentos, enchentes etc.), e também a acidentes com produtos perigosos.

Além disso, existe em Cubatão o Plano de Auxílio Mútuo (PAM), que integra as equipes de segurança das indústrias e das autoridades públicas, em casos de acidentes ambientais. O PAM envolve instituições como as indústrias, a Defesa Civil de Cubatão (Prefeitura Municipal), a Polícia Militar e o Corpo de Bombeiros, entre outras.
 

A Polícia Militar em Cubatão - a 4ª Companhia do 21 BPM/I - dispõe para o policiamento ostensivo e preventivo de 140 policiais, 19 viaturas de 4 rodas, 1 viatura de 2 rodas e 10 bicicletas. A PM realiza os seguintes tipos de policiamento: Força Tática; Policiamento Integrado; Radio Patrulhamento Padrão; Policiamento de bicicleta; Ronda Escolar; Centro de Atendimento; Programa Educacional de Resistência às Drogas (Proerd); Segurança de Instalações (Fórum).

Embora em termos de número de policiais por habitante, Cubatão esteja dentro dos padrões, verifica-se que pelas condições do município, com alta proporção de áreas de ocupação irregular, este quantitativo pode ser considerado insuficiente para as necessidades.

A Polícia Ambiental do Estado de São Paulo possui um batalhão instalado em Guarujá. Sua jurisdição abrange toda a Baixada Santista e litoral do estado. A Polícia Ambiental também não possui instalações em Cubatão, apesar do município, em diversas ocasiões, propor e disponibilizar áreas para instalação de um destacamento.

A Polícia Civil possui três distritos em Cubatão (Vila Nova, Casqueiro e Jardim das Indústrias), e realiza as investigações de crimes.

O Corpo de Bombeiros tem sediado em Cubatão o 2º Subgrupamento de Bombeiros e o Posto de Bombeiros de Cubatão. O 2º Subgrupamento de Bombeiros tem como responsabilidade o planejamento e execução dos serviços de prevenção e combate a incêndio, resgate, busca e salvamento nos municípios de Cubatão, Guarujá e Bertioga. O Posto de Bombeiros de Cubatão, que atendeu em 2004 a 1.529 ocorrências, conta com um efetivo de 32 bombeiros, e com a seguinte frota: 1 auto-bomba-escada, 1 auto-tanque, 2 unidades de resgate, 1 viatura operacional e 1 bote inflável motorizado.

O Sistema Anchieta-Imigrantes está sob jurisdição da 1ª Companhia do 1º Batalhão de Policia Rodoviária, instalada no Km 21 da Rodovia Anchieta, em São Bernardo do Campo. A unidade dispõe de vários postos para o controle do tráfego no Sistema Anchieta-Imigrantes, porém nenhum instalado no município de Cubatão.

PONTOS FORTES
Disponibilidade de recursos municipais para apoio a órgãos de segurança.
Existência do Plano de Auxílio Mútuo (PAM) entre indústrias,  Defesa Civil (Prefeitura Municipal) de Cubatão, Defesa Civil Estadual, Polícia Militar, Bombeiros e Polícia Rodoviária Estadual para ação em caso de acidentes.
Programa Educacional de Resistência às Drogas (Proerd), desenvolvido pela polícia militar nas escolas.
Programa social para crianças "Clubinho de Férias da Polícia Militar".
Programas de assistência social realizados pela prefeitura e ONGs que contribuem para a qualificação e o emprego de jovens e adultos.
Reativação do Conselho de Segurança (Conseg), embora necessitando de infra-estrutura.

PONTOS FRACOS
Topografia do município com bairros isolados.
Quantidade de áreas de ocupação desordenada existentes no município, onde é difícil o policiamento.
Falta de policiamento adequado às necessidades do município. 
Falta de estabelecimentos prisionais.
Falta de sistemas de monitoramento eletrônico.
Estrutura judicial morosa.
Ocupação desordenada de áreas com riscos de acidentes, como encostas da Serra do Mar e manguezais.
Proximidade de indústrias do Pólo Industrial, com manuseio e transporte de grandes volumes de cargas perigosas.
Alta taxa de desemprego.
Elevado nível de desigualdade social.
Região de passagem para outros municípios com elevadas taxas de criminalidade.
Crescimento do fluxo viário, em conseqüência da nova pista da Via dos Imigrantes.
Insuficiência da Divisão de Vigilância para garantir a segurança do patrimônio público.
Insuficiente reforço no policiamento do município durante a Operação Verão.

AMEAÇAS
Proximidade de áreas de ocupação desordenada de outros municípios.
Crescimento das áreas de ocupação desordenada em Cubatão.

OPORTUNIDADES
Disponibilidade de verbas estaduais e federais para projetos na área de segurança pública.
Crescente participação do município nas políticas de segurança pública.
Projetos existentes de erradicação ou urbanização de áreas de ocupação desordenada.